La Comisión de la Verdad de Oaxaca (CVO) reveló que el general Alfredo Oropeza Garnica, ex comandante de la Octava Región Militar en el conflicto 2006-2007, acusó a Jorge Franco Vargas, ex secretario de gobierno de Ulises Ruiz Ortiz de estar implicado en la desaparición de Gabriel Alberto Cruz Sánchez y Edmundo Reyes Amaya, presuntos miembros del EPR, detenidos y desaparecidos entre el 24 y 25 de mayo 2007.
En su Informe Final, la CVO detalla que “el general Alfredo Oropeza Garnica, quien comandó la Octava Región Militar durante el conflicto del 2006 y 2007 en Oaxaca dejó su cargo en abril de 2008 envió una serie de partes informativos al entonces presidente Felipe Calderón Hinojosa, a través del subsecretario de Gobernación, Abraham González. En uno de ellos se refiere al caso de Cruz Sánchez y Reyes Amaya y la implicación del secretario de Gobierno, Jorge Franco Vargas, así como de los oficiales de la Marina Armada encargados de cuerpos de seguridad pública estatal, Manuel Moreno Rivas y José Manuel Vera Salinas:
“Esta comandancia sostiene la hipótesis de que posiblemente Franco Vargas haya ordenado el secuestro de los dos integrantes del EPR que esa organización reclama, por lo que hay necesidad de realizar pesquisas a fondo con el propio [Jorge] Franco Vargas y los dos tenientes de navío que fueron autoridades y siguen lucrando con recursos del Gobierno del estado”.