El Templo de Filae se construyó durante un período de tres siglos, en las épocas ptolemaica y romana. La principal deidad del complejo del templo era Isis, pero otros templos y santuarios fueron dedicados a su hijo Horus y a la diosa Hátor.
Durante las dinastías ptolemaicas, Isis fue a veces asociada con Hátor, la que era a su vez asociada a la diosa griega Afrodita. Por siglos, el templo de Filae fue el lugar más sagrado para los fieles de Isis. El templo se cerró oficialmente en el siglo 6 dC por el emperador bizantino Justiniano.
Fue el último templo pagano en el mundo mediterráneo. Filae pasó a ser sede de la religión cristiana, la nueva fe de los egipcios de entonces. El templo de Isis se convirtió en una iglesia dedicada a la Virgen María, hasta que fuera cerrada por los invasores musulmanes en el siglo 7.
El pórtico del Templo de Filae pórtico cuenta con columnas cuyos capitales representan diversas formas y combinaciones de la rama de palma y la flor de loto. Toda la estructura resplandeció en su época de gloria con los colores más vivos. Aún, gracias a la sequedad del clima, quedan trazos de su brillo original.
En 1902, los británicos completaron la presa de Asuán, la cual amenazó con sumergir muchos monumentos antiguos, entre ellos el complejo de templos de Filae. La represa fue ampliada en dos ocasiones, de 1907-12 y de 1929-34, y la isla de Filae permaneció casi siempre bajo las aguas. De hecho, las ruinas del templo eran visibles sólo cuando las compuertas estaban abiertas, de julio a octubre.
Se propuso que el complejo de templos fueran trasladados, pieza por pieza, a islas cercanas, tales como Bigeh o Elefantina. Sin embargo, se optó por reforzar los cimientos. Aunque seguros, las estructuras se deterioraron con rapidez, desgastando sus relieves y el color.
En 1960, la UNESCO decidió relocalizar a sitio seguro muchos de los templos en la zona de Nubia. El complejo de templos de Filae fue trasladado, pieza por pieza, a la isla de Agilka, a 550 metros, su presente ubicación.
Para los viajeros a Egipto, el arribo en barca al Templo de Filae es una de las más hermosas experiencias. Visto desde el nivel del Nilo, la isla, con sus palmeras, el templo con sus columnatas y pilonos, parece surgir como un espejismo. Mientras más se acerca la embarcación, más altos se elevan los pilonos contra el cielo. No muestran signo de ruina o de edad.
El templo se presenta sólido, imponente, perfecto. Uno se olvida y por un momento, siente que nada ha cambiado. Si acaso escucháramos el susurro de antiguos cantos a lo largo de la tranquila atmósfera, si nuestros ojos fueran testigos de un desfile de sacerdotes con blancas vestiduras, no nos resultaría nada extraño.